Sábado: Presentación del musical “Mamma Mia!”.

Este sábado por la mañana se presenta la obra “Mamma Mia!”, cuenta la historia de Sophie, una chica inglesa de 20 años, descubre el viejo diario de su madre y encuentra descripciones de varias citas íntimas con tres hombres. Sophie cree que uno de esos hombres es su padre, y les envía una invitación a cada uno a su boda sin decírselo a su madre. La historia se desarrolla en una isla griega a donde llegan los tres posibles padres de Sophie, en otro tiempo parejas de Donna, su madre…

Fecha: Sábado 5 de septiembre de 2009.

Hora: 10:00 a.m.

Lugar: Teatro Manuel Bonilla (Centro de Tegucialpa)

Valor de la entrada: 150 Lps.

Teléfono: 222-4366

Concierto de la Orquesta Filarmónica Nacional (Entrada Gratis).

Este domingo dará un concierto la Orquesta Filarmónica Nacional en el Teatro Nacional Manuel Bonilla las 11 de la mañana, estan todos invitados.

Fecha: Domingo 6 de septiembre de 2009.

Hora: 11:00 a.m.

Lugar: Teatro Manuel Bonilla (Centro de Tegucialpa)

Valor de la entrada: Entrada gratuita.

Teléfono: 222-4366

Pueden ver el calendario de eventos del Teatro Nacional Manuel Bonilla para esta semana y el resto del mes dando clic a este enlace.

En el siguiente video el astrónomo estadounidense y divulgador científico Carl Sagan explica en pocos minutos la formación de nuestro universo, el orígen de la vida y la evolución humana en la tierra, desde el punto de vista científico, es un fragmento del capítulo 13 de su programa Cosmos: Un viaje personal (1980):

Fuente.

Puede interesarles esta otra entrada: Autocatálisis y sistemas autorreplicantes artificiales

La Secretaría de Relaciones de México ha abierto su Convocatoria de Becas para Extranjeros 2009, para efectuar:

• Estudios de especialización,
• maestrías,
• doctorados,
• especialidades médicas,
• realizar investigaciones a nivel de postrados,
• estancias postdoctorales,
• estancias para creación artísticas,
• prácticas profesionales,
• programas para expertos,
• conferencias de alto nivel,
• cátedras especiales para profesores visitantes y movilidad a nivel de postgrados.

Entre los programas que ofrecen las instituciones mexicanas receptoras en colaboración con la S.R.E., existen tres tipos que son:

1. Bilaterales, derivados en su mayoría de los convenios y programas suscritos entre el gobierno de México y el gobierno de otros países;
2. Los Multilaterales, derivados de compromisos del gobierno mexicano en el ámbito de organizaciones o mecanismos multilaterales
3. Y los especiales que abarcan tema de significativa importancia para la agenta internacional de México, y que permanecerán abiertos hasta el 30 de octubre de 2010.

Las becas se ofrecen en el área del conocimiento e instituciones señaladas expresamente en la Convocatoria 2010, las áreas que abarcarán a grandes rasgos pueden verlas en este enlace (aunque son muchas mas),  las universidades y centros de investigación que ofrecen becas este año pueden verlos en en este otro enlace.

En el año 2010 el ofrecimiento de becas para Honduras en el marco bilateral es de 10 becas nuevas, además de las mismas del año anterior (de estas 10 nuevas becas ocho estarán disponibles en enero y dos en marzo de 2010).

Este año cada postulante deberá realizar el registro de su candidatura en línea del 15 de julio al 15 de agosto, una vez que el programa informativo se instale se les informará de inmediato, así como el instructivo correspondiente. Además, lo imprimirá y anexará a su documentación, la cual no será recibida sin el mencionado registro. Cabe señalar que los candidatos para Programas Especiales no requerirán registrar su solicitud en línea. El formato de solicitud de beca podrá obtenerse en la Dirección General de Promoción Externa y Gestión Internacionales de la Secretaría de Relaciones Exteriores de Honduras.

La Convocatoria cerrara el 15 de agosto de 2009, y podrá ser consultada en la página Web de la Secretaría de Relaciones Exteriores de México. No serán tomados en cuenta dentro del proceso de preselección aquellos expedientes incompletos o que no cumplan con el todos los requisitos establecidos en la convocatoria (registro online, copia impresa del registro, 80 % de promedio o mínimo 75 % de promedio en algunos casos).

Pueden ingresar al sistema desde su página de ingreso al sistema,  si no están registrados, regístrense en la página de registro. Después llenan la solicitud A y la envían por internet para registrar su candidatura.

Registro en línea.

Fuente.

Para mayor información consultar en la embajada de México en Honduras:

Teléfonos: 232-0141, 232-4039, 232-6471 y 232-4719

Dirección: Eucalipto Nº. 1001, Col. Lomas de Guijarro; Tegucigalpa M.D.C, Honduras C.A., Apdo. Post. 769,

Horario de Oficina: 09:00 a.m. a 05:00 p.m.

El Instituto Politécnico Nacional de los Estados Unidos Mexicanos informó hoy por medio del embajador de México que el día de mañana, viernes 3 de abril a las 11 de la mañana, estarán ofreciendo información sobre 54 diferentes tipos de becas de posgrado disponibles, para carreras como ingeniería química, ciencias de la salud, física y muchas otras carreras relacionadas, además ofrecerán varias becas para investigadores.

Es una iniciativa emprendida por el CONACYT de Mëxico y el COHCIT donde ofrecen 54 diferentes tipos de becas para carreras  de calidad, la sesión informativa se realizará en el auditorio del Centro de Diseño Arquitectura y Construcción (CEDAC) en Tegucigalpa, colonia Tepeyac, una cuadra abajo del COHEP, teléfonos 239-8240 y 232-4874.

http://portal.sre.gob.mx/embhonduras/index.php

http://becas.sre.gob.mx/

http://portal.sre.gob.mx/embhonduras/index.php?option=displaypage&Itemid=74&op=page&SubMenu=

Decálogo de la dispensación para auxiliares

1. El responsable de la dispensación es el farmacéutico, por tanto, debe ser informado de cualquier situación anómala. Demanda de medicamentos que requieren receta, nuevas prescripciones, estupefacientes, anabolizantes, medicamentos de especial control.

2. El auxiliar debe saber en todo momento el uso del medicamento, las normas de dispensación y usos atípicos

3. El auxiliar tan sólo podrá recomendar medicamentos EFP (Especialidades farmacológicas publicitarias), para aquellos problemas de salud que aparecen en el anexo, teniendo en cuenta que si la duración del tratamiento es mayor de 7 días, el paciente toma otros medicamentos o tiene más de 65 años se derivará a un farmacéutico.

4. Jamás se cuestionará ante el público el juicio de otra persona más cualificada, sea médico o farmacéutico.

5. El auxiliar nunca debe derivar el paciente al médico, sino a un farmacéutico, quien será responsable de tomar una decisión.

6. Se mantendrá la confidencialidad de la información, con el correcto nivel de voz tanto en el despacho de medicamentos, o comentarios delante de terceros, como fuera del trabajo.

7. Se documentará toda la información requerida, debiendo dar cuenta de todas las actuaciones, especialmente aquellas que requieran un farmacéutico.

8. El auxiliar no diagnostica, ni pronostica.

9. No realizará educación sanitaria que no esté previamente protocolizada y para la que haya recibido la formación y autorización del titular.

10. Se compromete a entregar después de su trabajo todas las recetas que requiera la ley y dar cuenta de su trabajo ante el farmacéutico sustituto.

Vía: http://elfakir2002.wordpress.com

El genoma humano es el genoma del Homo sapiens. La palabra genoma proviene del griego ge-o (que genera), y -ma (acción).

ADN.

El ácido desoxirribonucleico, frecuentemente abreviado como ADN (y también DNA, del inglés DeoxyriboNucleic Acid), es un tipo de ácido nucleico, una macromolécula que forma parte de la mayoría de las células.

En los organismos vivos, el ADN se presenta como una doble cadena de nucleótidos, en la que las dos hebras están unidas entre sí por unas conexiones denominadas puentes de hidrógeno.

En 1953 James Watson y Francis Crick propusieron el modelo de la doble hélice de ADN para representar la estructura tridimensional del polímero. En una serie de cinco artículos en el mismo número de Nature se publicó la evidencia experimental que apoyaba el modelo de Watson y Crick.

Desde el descubrimiento de la estructura del ADN en 1953 el objeto de los genetistas, biólogos y químicos fue conocer mas sobre sus mecanismos de acción.

Con el descubrimiento del código genético, de los procesos de clonación génica (vectores y reacción de la polimerasa) y las técnicas de secuenciación (métodos de Maxam y Gilbert o químico y de Sanger o de didesoxido) se dispuso de las herramientas para leer el lenguaje con que se escribía la información génica. Habiéndose leído inicialmente algunos genes y organismos pequeños (ya en 1979 se había secuenciado el bacteriófago fX174), con una visión ambiciosa, se estableció la necesidad de “leer” la secuencia del genoma humano.

Cromosomas.

El núcleo de cada célula contiene el genoma que está conformado por 23 pares de cromosomas (46 cromosomas en total), cada cromosoma contiene alrededor de 25 mil genes, los genes están formados por 3 billones de pares de bases, cuya secuencia hace la diferencia entre los organismos.

Cuando se examinan con detalle durante la mitosis, se observa que los cromosomas presentan una forma y un tamaño característicos. Cada cromosoma tiene una región condensada, o constreñida, llamada centrómero, que confiere la apariencia general de cada cromosoma y que permite clasificarlos según la posición del centrómero a lo largo del cromosoma.

La cromátida es una de las unidades longitudinales de un cromosoma duplicado, unida a su cromátida hermana por el centrómero.

Los telómeros (del griego telos, “final” y meros, “parte”) son los extremos de los cromosomas.

Los Homo sapiens tenemos 46 cromosomas, 44 de ellos son autosómicos y 2 son sexuales o gonosomas. Un autosoma es cualquier cromosoma que no sea sexual.

En el humano, los cromosomas del par 1 al 22 son autosomas, y el par 23 corresponde a los cromosomas sexuales X e Y, también llamados heterocromosomas o gonosomas. Los rasgos o caracteres ligados a los autosomas se dice que presentan una herencia autosómica, y los rasgos o caracteres ligados a los cromosomas sexuales o heterocromosomas se denominan caracteres ligados al sexo, estos a veces son independiente de X o de Y.

Las 24 secuencias cromosómicas distintas (22 autosomas + 2 cromosomas sexuales: X, Y) tienen un tamaño total aproximado de 3200 millones de pares de bases de ADN (3200 Megabases) y que contienen unos 20.000-25.000 genes.

Las células somáticas de un organismo poseen en su núcleo un total de 46 cromosomas (23 pares): una dotación de 22 autosomas procedentes de cada progenitor y un par de cromosomas sexuales, un cromosoma X de la madre y un X o un Y del padre.

Cada vez que la célula se divide en células hijas, el genoma total se duplica, en el caso del genoma humano esta duplicación tiene lugar en el núcleo celular. Durante la división, el DNA se desenrolla y rompe las uniones entre pares de base permitiendo a las hebras separarse. Cada hebra dirige la síntesis de una nueva hebra complementaria con nucleótidos libres que coinciden con sus bases complementarias de cada hebra separada.

El genoma humano está formado por cromosomas, que son largas secuencias continuas de ADN altamente organizadas espacialmente para adoptar una forma ultracondensada en metafase. Son observables con microscopía óptica convencional o de fluorescencia mediante técnicas de citogenética.

Los Genes.

Un gen es el conjunto de una secuencia determinada de nucleótidos de uno de los lados de la escalera del cromosoma referenciado. La secuencia puede llegar a formar proteínas, o serán inhibidas, dependiendo del programa asignado para la célula que aporte los cromosomas. El genoma humano está formado por aproximadamente 25 mil genes.

Un gen es una secuencia específica de nucleótidos base, los cuales llevan la información requerida para la construcción de proteínas que proveerán de los componentes estructurales a las células y tejidos como también a las enzimas para una esencial reacción bioquímica.

Son la unidad básica de la herencia, y portan la información genética necesaria para la síntesis de una proteína (genes codificantes) o de un ARN no codificante (genes de ARN).

Existe una forma estricta de unión de bases, así se forman pares de adenina – timina (AT) y citosina – guanina (CG). Cada célula hija recibe una hebra vieja y una nueva. Cada molécula de DNA contiene muchos genes, la base fisica y funcional de la herencia.

Proyecto del Genoma Humano.

En la decada del ochenta del siglo pasado, en Estados Unidos, el DOE (Departament of Energy) motivado por las investigaciones atómicas y su relación con las mutaciones; y el NIH (National Institutes of Health) motivado por las afecciones de origen hereditario, se cristaliza la necesidad y se establece un cronograma y se propone la lectura en un plazo de 15 Años.

El Proyecto Genoma Humano (PGH) consiste en determinar las posiciones relativas de todos los nucleótidos (o pares de bases) e identificar los 20.000 a 25.000 genes presentes en él.

Debido a la amplia colaboración internacional, a los avances en el campo de la genómica (especialmente, en el análisis de secuenciación), así como los avances en la tecnología informática, un borrador inicial del genoma fue terminado en el año 2003, dos años antes de lo planeado.

El Genoma Humano es la secuencia completa de ADN de un ser humano. Está dividido en 24 fragmentos, cuya condensación altamente organizada conforma los 23 cromosomas distintos de la especie humana (22 autosomas + 1 par de cromosomas sexuales: X e Y, en los hombres, ó X y X, en las mujeres).

El genoma humano está compuesto por aproximadamente entre 25000 y 30000 genes distintos, unos son genes reguladores, otros genes codifican proteinas; si bien la secuencia codificante de proteínas supone menos de un 1,5 % de la secuencia. Cada uno de estos genes contiene codificada la información necesaria para la síntesis de una o varias proteínas (o ARN funcionales, en el caso de los genes ARN).

En 1989 se crea el National Human Genome Research Institute(NHGRI, EEUU) que dirige el “proyecto genoma humano”(HGP) con el fin de completar el mapa y función de los genes humanos(genoma) para comprender el funcionamiento a nivel molecular del organismo, producir mejores medicamentos y diagnosticar y curar enfermedades hereditarias.

En 1996 Craig Venter sale del NIH y crea el TIGR(The Institute for Genomics Research), un consorcio de capital mixto y logra descifrar la secuencia de Haemophilus influenciae.

En 1998 Venter en una alianza del TIGR y Applied Corp. crea Celera Genomics planteando una nueva aproximación al genoma sin realizar el mapeo físico. Contando con 300 superordenadores, el 6 de abril de 2000 anunció su primer borrador.

El Consorcio Internacional (HUGO) constituido por 16 laboratorios y 1100 especialistas de 6 países, no se queda a la zaga. Y el 26 de Junio de 2000 anunciaba junto a los gobiernos estadounidense e inglés un “borrador” con el 90% de genoma secuenciado.
En febrero de 2001, el consorcio público y el sector privado publican la secuencia: El 15 de febrero en la revista Nature el consorcio público da el informe del borrador, dirigido por el NHGRI y el 16 de febrero en Science, el borrador de Celera Genomics.
El 13 de abril de 2003, los países de Consorcio Publico del Genoma Humano, anuncian el desciframiento completo del “libro de instrucciones de la vida” y dan por finalizado el trabajo, dos años antes del estipulado inicialmente.

La rapidez de los avances en el conocimiento de los genomas se deben básicamente a la automatización de los procesos de análisis y al aumento de la capacidad de procesamiento de datos.

El mejor ejemplo de esto lo constituye Celera, que inicia el análisis el 8/9/1999 y termina en 9 meses utilizando el metodo del didesoxi o terminación en cadena(Sanger) automatizado, haciendo 175.000 lecturas diarias (Cada una de secuencias de 500 a 750 pb); haciendo en dicho período 27.271.853 lecturas completando 5,11 veces el genoma humano. Sumadas a las 2,9 veces que el NHGRI, hace una redundancia de 8 veces (Necesaria para el posterior armado).

Hace dos décadas la secuenciación de un gen de >10.000 bases de ADN o 10 Kilobytes (una base por byte) tardaba meses, hoy día se consigue producir la friolera de 320 Terabytes de ADN en dos horas, o para que nos entendamos, 320.000.000.000 bases o letras de ADN.

Tradicionalmente, se planteaban una serie de preguntas para un gen específico al cual se identificaba y describían los efectos que se producían cuando se mutaba ese gen en un organismo modelo. Ahora el problema no radica en la identificación de un gen en particular, sino en la interpretación de decenas de genomas a la vez, cada uno con miles de genes.

Hemos pasado del paradigma reduccionista de “1 gen = 1 función” al de “1 funcion = 1 sistema”, en el que nuevas propiedades emergen como parte del sistema y que no se explican por el comportamiento de cada uno de los componentes del sistema.

El Genoma Humano.

El Genoma Humano está compuesto por 24 secuencias cromosómicas distintas (22 autosomas + 2 cromosomas sexuales: X, Y), con un tamaño total aproximado de 3200 millones de pares de bases de ADN (3200 Megabases).

Contiene unos 20.000-25.000 genes, cada gen está compuesto de una secuencia de nucleótidos (ADN) que varia de gen a gen, en un término medio de 500 mil nucleótidos por cada gen.

Dos seres humanos del mismo sexo comparten un porcentaje elevadísimo (en torno al 99,9%) de su secuencia de ADN, esto nos permite trabajar con una única secuencia de referencia, pequeñas variaciones genómicas fundamentan buena parte de la variabilidad fenotípica interindividual.

Una variación en el genoma, por sustitución, deleción o inserción, se denomina polimorfismo o alelo genético. No todo polimorfismo genético provoca una alteración en la secuencia de una proteína o de su nivel de expresión, es decir, muchos son silenciosos y carecen de expresión fenotípica. En torno al 1,5% de la longitud del genoma está compuesta por exones codificantes de proteínas. Un 70% está compuesto por ADN extragénico y un 30 % por secuencias relacionadas con genes.

Del total de ADN extragénico, aproximadamente un 70% corresponde a repeticiones dispersas, de manera que, más o menos, la mitad del genoma humano corresponde a secuencias repetitivas de ADN. Por su parte, del total de ADN relacionado con genes se estima que el 95% corresponde a ADN no codificante: pseudogenes, fragmentos de genes, intrones, secuencias.

Genómica Comparada.

Los estudios de genómica comparada se basan en comparación de secuencias genómicas a gran escala, generalmente mediante herramientas bioinformáticas. Dichos estudios permiten ahondar en el conocimiento de aspectos evolutivos de escala temporal y espacial muy diversa, desde el estudio de la evolución de los primeros seres vivos hace miles de millones de años o las radiaciones filogenéticas en mamíferos, hasta el estudio de las migraciones de seres humanos en los últimos 100.000 años, que explican la actual distribución de las distintas razas humanas.

Los estudios de genómica comparada con genomas de mamíferos sugieren que aproximadamente el 5% del genoma humano se ha conservado evolutivamente en los últimos 200 millones de años.

La similitud entre el genoma humano y el del chimpancé (Pan troglodytes) es del 98,77%. En promedio, una proteína humana se diferencia de su ortóloga de chimpancé en tan sólo dos aminoácidos, y casi un tercio de los genes tiene la misma secuencia. Una diferencia importante entre los dos genomas es el cromosoma 2 humano, que es el producto de una fusión entre los cromosomas 12 y 13 del chimpancé. Otra conclusión de la comparación del genoma de distintos primates es la notable pérdida de genes de receptores olfativos que se ha producido paralelamente al desarrollo de la visión en color (tricrómica) durante la evolución de primates.

También se ha estudiado el origen y la expansión del Homo sapiens a partir de genomas de individuos actuales de todo el mundo, su fundamento básico consiste en identificar un polimorfismo, una mutación, que se asume que se originó en un individuo de una población ancestral, y que ha heredado toda su descendencia hasta la actualidad.

Además, dado que las mutaciones parecen producirse a un ritmo constante, puede estimarse la antigüedad de una determinada mutación en base al tamaño del haplotipo en el que se sitúa, es decir, el tamaño de la secuencia conservada que flanquea la mutación. Esta metodología se ve complicada por el fenómeno de recombinación entre los pares de cromosomas de un individuo, procedentes de sus dos progenitores. Sin embargo, hay dos regiones en las que no existe dicho inconveniente porque presentan una herencia uniparental: el genoma mitocondrial (de herencia matrilineal), y el cromosoma Y (de herencia patrilineal).

Enfermedades Genéticas

La alteración de la secuencia de ADN que constituye el genoma humano puede causar la expresión anormal de uno o más genes, originando un fenotipo patológico. Las enfermedades genéticas pueden estar causadas por mutación de la secuencia de ADN, con afectación de la secuencia codificante (produciendo proteínas incorrectas) o de secuencias reguladoras (alterando el nivel de expresión de un gen), o por alteraciones cromosómicas, numéricas o estructurales. La alteración del genoma de las células germinales de un individuo se transmite frecuentemente a su descendencia. Actualmente el número de enfermedades genéticas conocidas es aproximadamente de 4.000, siendo la más común la fibrosis quística.

Una aplicación de la genómica consiste en la utilización de microchips de ADN para el diagnóstico de enfermedades genéticas. Hay microchips en el mercado que permiten hacer análisis de genomas completos utilizando 42 millones sondas o “trozos” de ADN, abarcando toda la longitud del genoma.

En este contexto, no parece ilógico que muchas personas se planteen la posibilidad tener hijos con genes “más puros”: más inteligentes, guapos y fuertes. En cierta manera esta práctica ya se está dando en algunas clínicas de fertilización.

El conocimiento de la secuencia completa del genoma humano es una potente herramienta para la investigación en biomedicina y genética clínica, potenciando el avance en el conocimiento de la patogenia de enfermedades poco conocidas, en el desarrollo de nuevos tratamientos y de mejores diagnósticos. No obstante el conocimiento de la secuencia del genoma, es decir, del genotipo completo de un organismo, es tan sólo un primer paso para la comprensión, en última instancia, de su fenotipo.

El estudio de las enfermedades genéticas frecuentemente se ha englobado dentro de la genética de poblaciones. Los resultados del Proyecto Genoma Humano son de gran importancia para la identificación de nuevas enfermedades genéticas y para el desarrollo de nuevos y mejores sistemas de diagnóstico genético, así como para la investigación en nuevos tratamientos, incluida la terapia génica.

Información en Línea del Genoma Humano.

Las páginas Web de algunos sistemas de análisis de genomas se presentan mas abajo. De todos ellos, sólo GenQuiz permite a los usuarios el envío de secuencias para analizar.

• GeneQuiz (EBI)
• Ensembl (EBI)
• Magpie (Rockefeller U)
• Pedant (MIPS)
• Genotator (BDGP)
• HAMAP (Expasy)

Bases de datos de secuencias e información genómica

Varios grandes centros dedicados a la bioinformática proporcionan acceso las bases de datos públicas dedicadas a facilitar información sobre secuencias genómicas. A continuación se presentan los enlaces a algunos de ellos:

• NCBI
• TIGR Databases:
• Completed genomes at EBI:.
• The Wellcome Trust Sanger Institute, Ensembl, genomas eucariotas
• SGD, Subtilist,
• Colibri, Tuberculist,
• MypuList,
• Leproma,
  

Ensemble Genome Browser: En la página ensembl.org se puede obtener información de cualquier gen del genoma humano (y de otras especies), por ejemplo del gen BRCA2 (AL032821.2.1.143563 ó distrofia muscular)

http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index

Europe Bioinformatics Institute: Se pueden comparar secuencias, hacer árboles filogenéticos con el treeviewer.

http://www.ebi.ac.uk/

BLAST Assembled Genomes: Programa para comparación de aminoacidos, acidos nucleicos.

Con estos programillas, el genoma humano y el de otros animales vas a tener para divertirte un rato.

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Descarga del Genoma Humano.

El Genoma Humano completo está accesible para todos desde la biblioteca digital Archive.org, también lo pueden descargar en forma gratuita, hecho por dos autores diferentes, no tiene copyright, puede descargarse, copiarse y regalarse en las universidades y en los colegios:

Libro del Proyecto Gutenberg.

Chromosome Number 01 – Human Genome Project

Descarga: Full Text, Comprimido.

Chromosome Number 02 – Human Genome Project

Chromosome Number 03 – Human Genome Project

Chromosome Number 04 – Human Genome Project

Chromosome Number 05 – Human Genome Project

Chromosome Number 06 – Human Genome Project

Chromosome Number 07 – Human Genome Project

Chromosome Number 08 – Human Genome Project

Chromosome Number 09 – Human Genome Project

Chromosome Number 10 – Human Genome Project

Chromosome Number 11 – Human Genome Project

Chromosome Number 12 – Human Genome Project

Chromosome Number 13 – Human Genome Project

Chromosome Number 14 – Human Genome Project

Chromosome Number 15 – Human Genome Project

Chromosome Number 16 – Human Genome Project

Chromosome Number 17 – Human Genome Project

Chromosome Number 18 – Human Genome Project

Chromosome Number 19 – Human Genome Project

Chromosome Number 20 – Human Genome Project

Chromosome Number 21 – Human Genome Project

Chromosome Number 22 – Human Genome Project

Chromosome X Number 23 – Human Genome Project

Chromosome X – Human Genome Project

Chromosome Y – Human Genome Project

Human Genome Proyect.

Human Genome Project, Chromosome Number 01 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 02 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 03 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 04 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 05 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 06 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 07 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 08 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 10 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 11 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 14 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 15 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 16 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 17 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 18 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 19 – Human Genome Project

Human Genome Project, Chromosome Number 20 – Human Genome Project

Chromosome Number 22 – Human Genome Project

También se descarga por las redes p2p desde mininova, está en 24 archivos (son torrents), uno para cada gén, la descarga completa pesa 826 MB.

http://www.mininova.org/det/317089

Contiene toda la información del genoma, se puede ver mas o menos así:

The Project Gutenberg Etext of Human Genome Project, Chromosome Y
#24 of 24 in our series by the Human Genome Project
…
>chrY
GAATTCTAGGCTTTCTTTGAAGAGGTAGTAATCTGTAGCCCTCACCTAGG
ACTACAAGGTCATTTTTTAAAAAATAGCTAAGAAAACACATGTCTGGCAT
GTTTATCTCAGGCCATCGTTCTTGGCCTTCTAGAGAGTTAATGTCTACTA
TGTCACTTCATCAGGGAGGGGTAGTTAAGCTTGAAAAATCTTTCTATGAC
…

Genoma Humano – Texto de apoyo

Fuentes:

Genoma_humano

Proyecto_Genoma_Humano

Proyecto-Genoma-Humano.html

Mitos-y-verdades-del-genoma-humano/

http://www.divulgacion.ccg.unam.mx/webfm_send/8611

El-genoma-humano.html

http://es.wikipedia.org/wiki/ADN

http://es.wikipedia.org/wiki/Gen

http://es.wikipedia.org/wiki/Nucle%C3%B3tidos

http://es.wikipedia.org/wiki/Cromosoma

http://es.wikipedia.org/wiki/Crom%C3%A1tida

http://es.answers.yahoo.com

http://de.answers.yahoo.com

http://mx.answers.yahoo.com

http://www.hispaseti.org/foro/viewtopic.php?p=32754&sid=dd64c80239e1f67dfbe7c3e28a0e91d9

Historia-del-genoma-humano.html

Si acaban de  egresarar de secundaria y tienen calificaciones mayores a 80 %, pueden solicitar una beca en nuestra U.N.A.H. Preparen los documentos necesarios para el trámite y sus copias:

* Tarjeta de identidad o partida de nacimiento,

* Constancia de ingresos de los padres para asegurar las condiciones económicas.

* Certificado de egreso y calificaciones en el centro de educación secundaria del cuál egresó.

* Cualquier otro documento solicitado.

Para información detallada sobre el tema, pueden consultar cualquier duda que tengan en la Dirección de Desarrollo Estudiantil (Dide-UNAH), donde se les brindarán hojas con los pasos para el trámite, también hojas con  los planes de estudio de todas las carreras disponibles en la U.N.A.H.

En cambio si egresaron de secundaria con calificaciones por debajo del 80 % (pero por algún motivo: Trabajo, enfermedad, falta de interés, ignorancia, pocas horas de estudio, etc) y les interesa obtener una beca para estudiar en la universidad tienen una segunda opción, si son estudiantes en la U.N.A.H. de segundo año y en el primer año lograrón un promedio mayor al 80 % y aprobarón 10 materias pueden obtener una beca de estudios.

Existen tres categorías de becas para estudiantes de excelencia académica en la U.N.A.H.:

Categoría A, es un apoyo de 2,000 lempiras mensuales (mas de 20 mil lempiras al año).

Categoría B.

Categoría C, 1,280 Lempiras una vez al año.

El proceso es sencillo, el estudiante debe presentar documentos como la tarjeta de identidad o partida de nacimiento, constancia de ingresos de los padres para asegurar las condiciones económicas y un certificado de estudios.

También la forma 003 del presente periodo con una carga académica de 4 asignaturas como mínimo, una fotografía tamaño carné una constancia de conducta y aprobar la evaluación psicométrica aplicada por el departamento.

Todos estos documentos son presentados en la oficina de Vicerrectoría para clasificar la documentación, donde un grupo de especialistas elige la beca que más conviene a cada postulante, según sus necesidades.

http://www.heraldohn.com/Tegucigalpa/Ediciones/2008/11/21/Noticias/Estudiantes-que-avanzan-a-la-excelencia

El objetivo de todo estudiante al entrar a la universidad debe ser entender el contenido de cada materia para alcanzar las mejores posibles calificaciones desde el primer año, manteniendo un promedio superior al 80 ó 90 % desde que se ingresa a la universidad, desde el primer semestre en la universidad.

El buen índice se obtiene estudiando todos los días (durante dos horas o más, bien aprovechadas), para esto se debe dedicar mucho mas tiempo a los estudios universitarios y perder menos tiempo en otras actividades.

En caso de encontrarse con algún maestro que no sabe sobre la materia que imparte, el alumno tiene que estudiar por su cuenta, para entender lo que se supone debe aprenderse en la clase, basándose en los temas que imparte el “maestro” en las clases, pero para estudiarlos con otras fuentes como libros (en la biblioteca hay miles de libros para todas las carreras), internet, compañeros, etc.

Lo mejor de todo es que además de que la universidad paga a sus mejores estudiantes por estudiar, al egresar de la universidad con un promedio superior a 80 % pueden aplicar a una beca para maestría o doctorado en la misma UNAH, en otra universidad nacional o en una universidad extranjera, aunque en ciertas universidades extranjeras (la minoría) exigen entre 90 a 95 % de promedio para poder acceder a una beca.

La UNAM lleva mas de 15 años realizando proyectos de investigación utilizando el poder de varias supercomputadoras, esperemos que en lo que termina esta década nuestra UNAH se siga el mismo camino, para poder realizar investigaciones utilizando las nuevas herramientas disponibles, mientras tanto se pueden usar computadoras domésticas, playstations 3 con linux, o también macs caceras.

La última supercomputadora que compró la UNAM es KanBalam, en sus primeros 5 meses de uso brindó más de dos millones de horas al servicio de la ciencia, equivalente a utilizar un equipo de escritorio durante 228 años de forma ininterrumpida.

KanBalam a cargo de la Dirección General de Servicios de Cómputo Académico es utilizada por 155 usuarios, involucrados en alrededor de 60 proyectos de investigación que han sido avalados por el Comité Académico de Supercómputo, conformado por destacados científicos universitarios de varias disciplinas.

KanBalam cuenta con mil 368 procesadores (cores AMD Opteron de 2.6 GHz), una memoria RAM total de tres mil gigabytes y un sistema de resguardo de información de 160 terabytes. Ofrece al conjunto académico y de investigación de México una magnitud de cálculo sin precedente en el México.

Sus procesadores están organizados en 337 nodos de cálculo, cada uno con dos procesadores de dos núcleos y ocho gigabytes de memoria, así como con cinco nodos especiales con 64 gigabytes. Su sistema de almacenamiento se conforma con 768 discos. Los nodos de procesamiento y los dispositivos de almacenaje se comunican mediante una red de alta velocidad, con tecnología Infiniband de 10 GBps.

Este instrumento es siete mil veces más potente que la primera supercomputadora de la UNAM, la CRAY-YMP (1991), y 79 veces más poderosa en cálculo que el equipo AlphaServer SC45, adquirido en 2003.

• Capacidad (pico) de 7.113 teraflops, siendo la número uno en América Latina.
• Sus 19 racks utilizan un área de 15 a 20 metros cuadrados (el tamaño de un cuarto de 3.3 metros de ancho por 3.3 metros de largo).
• La inversión total fué de tres millones de dólares.
• Es la número 126 en la clasificación de las 500 supercomputadoras más rápidas en el mundo.
• Es la 44 en cuanto a sitios académicos, y la 28 respecto a las instaladas en universidades.

http://www.cronica.com.mx/nota.php?id_nota=281056

http://evdoplus.blogspot.com/2008/07/kan-balam.html

Algunos de los proyectos de investigación que actualmente se realiza la facultad de química en las supercomputadoras de la UNAM son los siguientes:

I.- Simulación de la dinámica molecular de la enzima triosafosfato isomerasa del parásito Tripanosoma cruzi (TcTIM).

Simulaciones de dinámica molecular destinadas al desarrollo de fármacos específicos para el parásito, que funcionen inhibiendo la actividad de la TcTIM.

Para la realización de los cálculos trabajaremos con el paquete de programas GROMACS 3.3.1.
Dependencia:  Facultad de Química

Responsable:  Ángel Piñeiro Guillén

II.- Química Cuántica.

1. Estudios teóricos sobre estructura electrónica Molecular.
2. Formación de complejos de Van Der Waals.
3. Aromaticidad en compuestos policíclicos y heterocíclicos.
4. Mecanismos de reacción de compuestos aromáticos.
5. Distribución de carga en equilibrios tautoméricos.
6. Estructura electrónica de hidratos de gas.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: José Jesús Hernández Trujillo

III.- Química inorgánica.

Búsqueda de mecanismos de reacción que ocurren en el medio ambiente.
Se estudia la interacción de compuestos fenólicos con átomos metálicos (Fe, Ru, Cu, Au, etc.), aplicando cálculos Ab initio y DFT.
Se realizará el análisis de las propiedades electrónicas y estructurales que permiten caracterizar la interacción metal ligante.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Pandiyan Thangarasu

IV.- Reacciones de interés atmosférico en fase gaseosa

Incluye el estudio del mecanismo y de las constantes de velocidad y los parámetros de Arrhenius con exactitud equivalente a la experimental.

V.- Estudio de reacciones orgánicas en solución.

Para los cálculos es necesario modelar muchos sistemas de tamaño medio (entre 15 y 40 átomos “pesados”).

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Juan Raúl Álvarez Idaboy

VI.- Cálculos para la obtención de estructuras correspondientes a mínimos relativos de la superficie de energía potencial de la alfa, beta y gamma ciclodextrinas.

Una vez obtenidas las estructuras correspondientes a esos mínimos se procederá a identificar y caracterizar cada uno de estos estados mediante cálculos de análisis de frecuencias vibracionales.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Sigfrido Escalante Tovar

1. Estudio del enlace, la reactividad y la selectividad de sistemas organometálicos.
2. Desarrollo de descriptores para estudios QSAR.
3. Simulación de materiales.
4. Desarrollo de herramientas de visualización de la densidad electrónica.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Fernando Cortés Guzmán

VIII.- Estudio Teórico de Mecanismos de Racción en Química Orgánica: La Reacción de Baeyer-Villiger.

Actualmente se hacen esfuerzos para desarrollar nuevos procesos donde se reduzcan o se eliminen las sustancias químicas peligrosas. En el caso particular de la reacción de Baeyer-Villiger, se ha estudiado extensivamente desde el punto de vista experimental, y es tema de muchas publicaciones tendientes a realizar el proceso de manera sustentable. A pesar de esto, el mecanismo de la reacción no es claro, y además, pocos estudios teóricos aparecen en la literatura.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Lino Joel Reyes Trejo

IX.- Cúmulos Magnéticos de Metales de Transición.

1. Interacción Metal-Ligante.
2. Reacciones Troposféricas.
3. Determinación de Propiedades Fotoquímicas.
4. Efectuar investigaciones acerca de las propiedades estructurales, magnéticas y de reactividad química de pequeños cúmulos de metales de transición. La actividad catalítica de éstos cúmulos metálicos se estudiará mediante su interacción con ligantes o moléculas.
5. Se abordará la caracterización de reacciones de compuestos orgánicos volátiles, para el caso de la interacción del tolueno con el radical OH durante el día y con el radical NO3 durante la noche, lo que originan compuestos mutagénicos que causan graves problemas de salud pública.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Francisco Miguel de Jesús Castro Martínez

X.- Estructura Electrónica de Sistemas Complejos.

1. Investigación de las sales de transferencia de carga con propiedades metálicas y/o superconductoras.
2. Estudio de los procesos de anclaje electroquímico de moléculas orgánicas en superficies sólidas.

Para el estudio de las propiedades electrónicas de los sólidos harán uso de técnicas de cálculo de la estructura electrónica; dichas técnicas están basadas en la teoría de los funcionales de la densidad electrónica.
Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Luis Emilio Orgaz Baqué

1. Cálculo de la estructura molecular en materiales a nano-escala,
2. Biomateriales,
3. Reacciones atmosféricas/interestelares,
4. Problemas de física fundamental en métodos ab initio,
5. y desarrollo de métodos novedosos de correlación de electrones.
6. Reacciones atmosféricas que involucran peróxidos.
7. Materiales nanotubos e interacciones con moléculas.
8. Trampas de aniones en complejos moleculares (incluyendo trampas de electrones solvatadas y la recientemente desarrollada trampa de superficie de aniones.
   

Dependencia: Instituto de Química

Responsable: Abraham Jalbout

XII.- Cálculo de constantes de acoplamiento en sistemas aromáticos y bicíclicos.

La espectroscopia de Resonancia Magnética Nuclear (RMN) es una técnica fundamental para la elucidación estructural de prácticamente cualquier tipo de compuestos en disolución. Los espectros de RMN pueden ser analizados principalmente a través el desplazamiento químico y el acoplamiento espín-espín.

En nuestro grupo de trabajo se desarrolló el estudio teórico-experimental de las constantes de acoplamiento protón-protón vecinales y a larga distancia en sistemas antracénicos.

Dependencia: Instituto de Química

Responsable: José Federico del Río Portilla

XIII.- Cálculos de Monte Carlo cuántico.

El método de Monto Carlo cuántico es uno de los más precisos para resolver la ecuación de Shrödinger para moléculas y materia condensada. Requiere grandes recursos computacionales. El proyecto tiene como objetivo la búsqueda de reactivos para la aminación electrofílica.

Se utilizan los programas ZORI, CASINO y GAMESS.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Carlos Amador Bedolla

XIV.- Simulación molecular del tautomerismo de la Hipoxantina.

Se planea un estudio sistemático del tautomerismo en solución acuosa utilizando el método de Monte Carlo, para poder tener un mejor entendimiento de la interacción agua – hipoxantina y obtener información detallada acerca de la energética y la población relativa de los tautómeros N(1)-H/N(7)-H y N(1)-H/N(9)-H en solución, los cuales se ha encontrado, que son los tautómeros energéticamente más estables en fase gas.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Milton Thadeu Garcia Medeiros De Oliveira

Cálculo de energías de moléculas, optimización de geometrías de mínimos y puntos silla de primer orden.

Con distintos modelos químico cuánticos, cálculo de frecuencias de vibración, cálculo de desplazamientos químicos, todo lo anterior con ayuda de los programas Gaussian 03 y gamess.

Dependencia: Instituto de Química

Responsable: GABRIEL EDUARDO CUEVAS GONZALEZ BRAVO

XVI.- Determinación de la estructura tridimensional y conformación molecular de carbohidratos simples, oligosacáridos y metabolitos secundarios de origen vegetal.

Mediante resonancia magnética nuclear de alta resolución y cálculos teóricos de modelado molecular empleando la teoría de funcionales de la densidad a niveles B3LYP/6-31++G(d,p) y DGDZVP.

Dependencia: Facultad de Química

Responsable: Rogelio Pereda Miranda

XVII.- Estudio de diferentes procesos fotoquímicos que se presentan cuando las diferentes moléculas orgánicas, inorgánicas o biológicas son expuestas a la radiación electromagnética.

Entre otros procesos, nos encontramos estudiando la foto-reactividad de diversos contaminantes ambientales como son los compuestos poliaromáticos nitrados.

Para este proyecto estaremos utilizando el paquete Gaussian-03.

Dependencia: Instituto de Química

Responsable: Jorge Peón Peralta

1. Cálculo de la estructura molecular en materiales a nano-escala, biomateriales,
2. Reacciones atmosféricas/interestelares,
3. Problemas de física fundamental en métodos ab initio,
4. Desarrollo de métodos novedosos de correlación de electrones.
5. Reacciones atmosféricas que involucran peróxidos.
6. Materiales nanotubos e interacciones con moléculas.
7. Trampas de aniones en complejos moleculares (incluyendo trampas de electrones solvatadas y la recientemente desarrollada trampa de superficie de aniones.

Para otros información sobre otros proyectos de investigación con supercómputo en las demas carreras en la UNAM ver: http://www.super.unam.mx

Extra: Sobre los programas utilizados.

GROMACS 3.3.1.

GROMACS es un programa de simulación de dinámica molecular que utiliza las ecuaciones Newtonianas del movimiento para sistemas de centenares a millones de partículas.

El programa GROMACS es software libre y se distribuye de forma gratuita bajo licencia GPL (GNU General Public License), se instala con sus archivos binarios en cualquiera de las siguientes plataformas: Linux, windows, irix, hp-ux.

Descripción:

GROMACS fue especialmente diseñado para realizar simulaciones de moléculas bioquímicas, como proteínas y lípidos, con un gran número de interacciones. Dada su gran rapidez, también se utiliza para realizar simulaciones de moléculas no biológicas como los polímeros.

GROMACS soporta los algoritmos comunes que cualquiera espera encontrar en una ejecución de dinámica molecular moderna. Pero además incorpora otras funcionalidades:

Todos los programas utilizan una interfaz sencilla con opciones de la línea de instrucciones para los ficheros de entrada y de salida. También tiene integrada una interfaz gráfica de usuario disponible para todos los programas.

Mientras se ejecuta la simulación, GROMACS informa continuamente hasta donde ha llegado, y qué día y a qué hora prevé que finalice.

Tanto los ficheros de entrada como las trayectorias pueden ser leídos por cualquier versión de GROMACS, incluso si fue compilado utilizando una precisión diferente de coma flotante.

GROMACS contiene una gran selección de herramientas flexibles para el análisis de trayectorias.

Incluye un visualizador básico de trayectorias. Además diversas herramientas externas de visualización pueden leer los formatos de los ficheros GROMACS.

El paquete incluye un constructor topológico de proteínas totalmente automatizado, incluso para estructuras multiméricas.

Si queréis obtener información más detallada sobre este programa visitad la sección de características en la página de GROMACS.

Utilización

Para utilizar GROMACS es necesario cargar las variables de entorno mediante el módulo correspondiente. Se puede encontrar mas información del entorno de módulos en las sección Environment Modules.

La mejor manera de iniciarse en el uso del programa es consultar las referencias en línea. Además, todos los programas disponen de las páginas man. Finalmente, la opción -h nos proporcionará las instrucciones de utilización para cada programa.

También es muy recomendable consultar el manual.

Para la ejecución de la dinámica molecular, en primer lugar ha de crearse el fichero input .tpr mediante el comando:

grompp -v

Es necesario que en el directorio de trabajo estén los ficheros de entrada de nuestro sistema a simular: .mdp,.top y .gro. Hay programas, como WhatIf, que permiten generar inputs de Gromacs.

A continuación puede ejecutarse la simulación con el comando:

mdrun -v

Para visualizar los resultados de la simulación puede utilizarse el programa VMD o otros com el Rasmol, gOpenMol, PyMol… Para más información de qué programas permiten analizar los resultados de Gromacs consultad su página web.

Ejemplos

En el directorio /usr/local/examples de todas las máquinas encontraréis dos ficheros de ejemplo (gromacs.lsf i gromacs_mpi.lsf) para enviar trabajos al batch de forma secuencial y paralela respectivamente.

Documentación

Podéis encontrar más información en la página de GROMACS.

http://www.gromacs.org/

http://www.cesca.es/es/sistemes/supercomputacio/programari/gromacs.html

Versión Actual: 4.0

Tamaño: 8 MB

Descarga Gratuita

Puede funcionar sin interfaz gráfica, aunque también se han desarrolladas varias GUI’s, para facilitar su uso, también son libres con licencia gpl, algunas se encuentran acá, aunque se puede descargar una desde acá, acá o también desde acá.

Zori (Un Programa de Monte Carlo Cuántico QMC).

Es un programa creado para utilizar el método Monte Carlo. El método de Montecarlo (Monte Carlo, MC) se aplica a sistemas moleculares para: predecir los valores promedio de las propiedades de estructuras en medios térmicos; estimar la distribución de cargas en moléculas; calcular constantes cinéticas de reacción, energías libres, constantes dieléctricas, coeficientes de compresibilidad, capacidades caloríficas y puntos de cambio de estado; etc.

El método de Montecarlo recibe este nombre porque consiste en introducir números aleatorios en el cálculo, lo cual permite simular efectos “térmicos”. En este sentido se distingue de la Dinámica Molecular (técnica determinística).
Método Clásico (Classical Monte Carlo, CMC): Aplicación de distribuciones de probabilidades (generalmente la distribución clásica de Maxwell y Boltzmann) para obtener propiedades termodinámicas, estructuras de energía mínima y constantes cinéticas;

Método Cuántico (Quantum Monte Carlo, QMC): Usa trayectorias aleatorias para calcular funciones de onda y energías de sistemas cuánticos y para calcular estructuras electrónicas usando como punto de partida la ecuación de Schroedinger.

http://www.luventicus.org/laboratorio/MonteCarlo/index.html

Su licencia es de código abierto (Open Source), la descarga del programa es gratuita, primero hay que registrarse en la página (clic acá para crear una nueva cuenta), desde su email activan la cuenta, escriben la clave y contraseña en la página, luego pueden descargar el programa.

La guía de uso es la siguiente: http://www.zori-code.com/wiki/index.php/Main_Page

Zori se instala en sistemas operativos Mac OS X y Linux. El programa  puede usarse sin interfaz gráfica (desde una consola) y también con la gui que trae el programa, llamada zopi.

GAMESS – General Atomic and Molecular Electronic Structure System.

Es un software de Química Computacional. Se trata de un paquete análogo a GAUSSIAN, que incorpora métodos ab-initio, aunque incorpora soluciones específicas para la descripción de orbitales, y otros métodos de optimización. Existen dos variantes: GAMESS-US y GAMESS-UK.

Página Web: http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html

La descarga es gratuita para estudiantes y universidades: http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/License_Agreement.html

Gaussian 03

Gaussian 03 es la última aplicación de la seria de Gaussian para software de estructura electrónica. Es una aplicación utilizada por químicos, ingenieros químicos, bioquímicos, físicos y muchos otros para la investigación en áreas establecidas y emergentes en la química.

Empezando desde las leyes básicas de la mecánica cuántica, Gaussian predice energías, estructuras moleculares y frecuencias vibracionales en sistemas moleculares, incluyendo numerosas propiedades moleculares derivados de estos modelos computacionales. Puede ser utilizado para el estudio de moléculas y reacciones bajo un amplio rango de condiciones, incluyendo tanto especies como compuestos estable los cuales son casi imposibles de analizar experimentalmente, tales como intermedios de corta vida y estructuras de transición.

Investigando la Reactividad y el Espectro de Moléculas Grandes

Tradicionalmente, las proteínas y otras moléculas biológicas de mayor tamaño han estado fuera del alcance de métodos de estructura electrónica. A pesar de esto, Gaussian 03 tiene un método conocido como ONIOM que eliminará estas limitaciones. Esta aplicación apareció primero en Gaussian 98 y se han hecho mejoras significativas para su aplicación para moléculas de mayor tamaño.

Esta técnica computacional que puede modelar moléculas grandes, que consiste en definir dos o tres capas en la estructura que son tratados con diferentes niveles de precisión. Estudios de calibración han demostrado que las predicciones resultantes son esencialmente equivalentes a las que pueden ser obtenidas por un método de alta precisión.

La aplicación ONIOM en Gaussian 03 ofrece un desempeño sustancialmente mejor para optimizaciones geométricas a través de un algoritmo cuadrático y la utilización de micro iteraciones. Además, la opción del programa para incluir electrones embebidos en los cálculos de ONIOM permite que las propiedades esteáricas y electroestáticas de la molécula sean tomada en cuenta en el momento de modelar procesos de alta precisión. Estas técnicas contienen resultados de estructuras moleculares y propiedades que son bastante acertados de acuerdo al experimento.

Por ejemplo, los investigadores actualmente están estudiando los estados excitados de bacteriorodospina utilizando un modelo ONIOM(MO:MM), para poder entender la forma en que esta especie genera energía dentro de una célula. En el acercamiento de dos capas, el sitio activo es tratado con un método de estructura electrónico, mientras que el resto del sistema se modela con mecánica molecular. El ambiente de electroestática en proteínas con el calculo de QM del sitio activo, es esencial para tener predicciones precisas del espectro UV-Visible de la molécula.

El método ONIOM es también aplicable para molecular grandes en muchas otras áreas, como reacciones de enzimas, mecanismo de reacción para sistemas orgánicos, modelos de superficies y reacciones superficiales, procesos foto químicos de especies orgánicas, efectos y reactividad de compuestos orgánicos y organometalicos y catálisis homogénea.

Gaussian Software es una empresa que desarrolla software para análisis químico con un producto software estrella que en la actualidad es Gaussian 03. Esta empresa tiene sus oficinas base en Wallingford, USA. Es una empresa que se dedica que mejorar su software con una actualización de aplicaciones particularmente frecuente.

http://www.software-shop.com/in.php?mod=ver_producto&prdID=227

Requisitos del sistema: Linux, OS X, Solaris, HP-UX, Irix, etc.

http://www.gaussian.com/g03_plat.htm

Precio: 4500 $

http://www.gaussian.com/g_pricing/g03p_a.htm

Programa Casino (Monte Carlo Cuántico, QMC).

Fué escrito cerca de los años 90, en Cambridge por Richard Needs y Guna Rajagopal. Su versión actual es la 2.3, actualizada a octubre de 2008.

Su uso y descarga es gratuito, para obtener el código del programa el usuario debe firmar esta declaración de usuario y enviarla por email a Mike Towler.

http://www.vallico.net/casino.html

http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/casino2.html

Otros Programas Relacionados:

AMBER

Acrónimo de Assisted Model Building and Energy Refinement o “Construcción Asistida de Modelos y Refinación de Energía”.

Está formado por dos partes:

Amber Tools: Un paquete de programas de simulación molecular que incluye código fuente y demos, con licencia gpl, la descarga es gratuita.

Descarga de Amber Tools

Amber 10: Un set de modelado de campos de fuerza  para dinámica molecular de biomoléculas (en dominio público), con un precio es de 400 $ para universidades.

El código se mantiene gracias a la colaboración activa entre David Case, en el Scripss Research Institue, Tom Cheatham en la Universidad de Utah, Tom Darden en NIEHS, Ken Merz en Florida, Carlos Simmerling en la Stony Brook University, Ray Luo en UC Irvine, y Junmei Wang en Encysive Pharmaceuticals.

http://ambermd.org/

NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics)

Es un código para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares. Está basado en Charm++ parallel objects.

NAMD es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en cómodos clusters usando ethernet gigabit.

NAMD usa el popular programa de presentación gráfica molecualr VMD para configuración de la simulación y análisis de trayectorias, pero también es compatible con AMBER, CHARMM y X-PLOR.

Su Versión Actual es la 2.6, NAMD es un programa gratuito, puede distribuirse gratuitamente y crear programas derivados, mas información en la licencia del programa. Está disponible para plataformas Linux, Mac OS X, Solaris-Sparc, Windows, etc.

Descarga: http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD

Visual molecular dynamics (VMD)

Es un programa de computadora para el modelado y la visualización de moléculas. VMD es desarrollado principalmente como una herramienta para ver y analizar los resultados de simulaciones de dinámica molecular.

Las escenas moleculares pueden exportarse a herramientas externas de renderizado como POV-Ray, Renderman, Tachyon, VRML, y muchas otras.

Tanto el programa VMD como su código se pueden descargar en forma gratuita.

Descarga: http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

]]> http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/2009/01/04/proyectos-de-supercomputo-en-la-facultad-de-quimica-y-en-la-facultad-de-farmacia-en-la-unam/feed/ 1 farmaceuticocatracho http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/2008/12/06/el-logo-de-la-universidad-nacional-autonoma-de-honduras/ http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/2008/12/06/el-logo-de-la-universidad-nacional-autonoma-de-honduras/#comments Sat, 06 Dec 2008 16:52:56 +0000 farmaceuticocatracho http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/?p=139 ]]>

Esta entrada es para el logo de nuestra UNAH, si lo ocupan para sus trabajos, presentaciones o expocisiones, copienlo y guárdenlo en su colección, acá se los dejo:

Imagen Grande

Imagen Mediana.

Imagen Pequeña.

]]> http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/2008/12/06/el-logo-de-la-universidad-nacional-autonoma-de-honduras/feed/ 4 farmaceuticocatracho Logo Logo de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH). Logo de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/2008/12/04/un-canal-en-youtube-con-experimetos-de-fisica-y-quimica-al-aire-esperemos-que-siga-este-canal-por-muchos-anos-mas/ http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/2008/12/04/un-canal-en-youtube-con-experimetos-de-fisica-y-quimica-al-aire-esperemos-que-siga-este-canal-por-muchos-anos-mas/#comments Thu, 04 Dec 2008 21:19:27 +0000 farmaceuticocatracho http://farmaceuticocatracho.wordpress.com/?p=131 ]]>

Leo en el blog de Martín Núñez que el Departamento de Física y Química del IES “Antonio Mª Calero” de Pozoblanco (Córdoba) España crearon recientemente su propio canal gratuito de vídeos en youtube con mas de 40 prácticas de Física y Química, son un montón de interesantes videos y también la correspondiente página web donde se explica la teoría para todas las prácticas.

Un ejemplo es el vídeo explicativo “Copa de Arquímedes”:

Gracias a Antonio Javier y al Departamento de Física y Química del IES “Antonio Mª Calero” por la iniciativa, continuen  así, es un excelente trabajo.

La copa fué construida por el científico griego arquímedes hace unos 2,200 años. También pueden ver otra explicación y vídeo en este enlace donde muestran como hacer una copa de arquímedes cacera, con un vaso de plástico, pajílla, plasticina y agua.